Tujuan Program Studi Pendidikan Khusus adalah:
- Menghasilkan sarjana Pendidikan Khusus yang religius dan menjunjung nilai budaya santri
- Memiliki kemampuan penelitian pada bidang Pendidikan dan pembelajaran khusus
- Memiliki kemampuan implementasi ilmu pengetahuan dalam melaksanakan pengabdian dan pengorganisasian masyarakat
- Menyelenggarakan tata Kelola Pendidikan khusus yang professional, transparan, harmonis, kredibel, akuntabel dan bertanggungjawab; dan
- Terbentuknya kerjasama yang saling menguntungkan, menguatkan baik dalam skala local, nasional, maupun internasional dalam rangka meningkatkan kualitas tridharma Pergururan tinggi
